Lorsqu'il est utilisé comme un fichier HTML unique, TiddlyWiki5 permet de crypter le contenu à l'aide de la Stanford JavaScript Crypto Library.

1. Allez à l'onglet Outils sur la barre latérale, et cherchez le bouton avec une icône de cadenas
2. Si le bouton a pour intitulé « affecter un mot de passe », c'est que le wiki en cours n'est pas crypté. Cliquer sur le bouton vous demandera un mot de passe qui sera utilisé pour les prochains enregistrements
3. Si le bouton est intitulé « résilier le mot de passe », cela signifie que le wiki en cours est déjà crypté. Cliquer sur le bouton supprimera le mot de passe de sorte que les enregistrements suivants ne seront pas cryptés
4. Si vous voulez vérifier que vos données sont bien cryptées, vous pouvez ouvrir le fichier enregistré dans un éditeur de texte (faites attention de ne pas le modifier !)
5. Ouvrez le fichier dans votre navigateur. Avant d'afficher le contenu, un mot de passe vous sera demandé.